El día 19 de abril de 2005, la Fundación aprobó financiar, en colaboración con la Real Academia de la Historia, el desarrollo de un ciclo de conferencias bajo el título “Doña Juana, Reina de Castilla”, cuyo director fue el profesor Gonzalo Anes y Álvarez de Castrillón. Las conferencias se desarrollaron entre los días 25 de noviembre y 9 de diciembre de 2005.
Como señaló el programa de las jornadas “La Real Academia de la Historia desea recordar a la heredera de Isabel, la Princesa Doña Juana, como Reina de Castilla. El reinado de doña Juana ha merecido y merece la atención de distinguidos historiadores especializados en el estudio del acontecer durante la primera mitad del siglo XVI. Doña Juana, recluida en Tordesillas desde febrero de 1509, encontró allí la muerte el 12 de abril de 1555, asistida por San Francisco de Borja.
Doña Juana quedó muy pronto alejada de las tareas de gobierno, aunque siempre conservó su calidad de Reina. Su firma fue solicitada infructuosamente por los Comuneros, con el fin de actuar legalmente contra el Rey Carlos I, su hijo. Fue madre de dos emperadores, Carlos y Fernando, y de cuatro reinas: Leonor, de Portugal y de Francia, Isabel, de Dinamarca, María, de Hungría, y Catalina, de Portugal. La personalidad de la reina, las circunstancias en las que tuvo que actuar y su época, fueron objeto del ciclo de conferencias en las que se esclareció lo que Doña Juana fue y representó como mujer, aún envuelta en la leyenda, no exenta de ternura y nostalgias”.
El contenido de las jornadas se materializó en la obra “Doña Juana, Reina de Castilla” publicada en la Colección Historia de la Fundación Rafael del Pino en 2006.